厭氧菌鑑定是使用Biolog菌種鑑定系統，利用測試之厭氧菌菌種與96種化學成份混合於厭氧環境下培養過後，產生之顏色變化，置於Biolog全自動菌種鑑定儀內讀取其吸光值，最後判斷為何種厭氧菌菌種。

於患者口腔病徵處採集檢體，檢體置於厭氧培養皿與厭氧環境下培養5天，然後以人工判讀挑選可能導至病徵之菌種，最後使用Biolog菌種鑑定系統進行口腔病源菌菌種鑑定。另外檢體也於暗視野下觀察其細菌型態與使用螢光免疫染色方式觀察檢體內是否有四種常見之牙週病病源菌的存在。

口腔病源菌鑑定後，可進行抗生素敏感性測試，測試口腔病源菌是否有抗藥性，然後使用正確之抗生素輔助治療。測試方法為選擇六種抗生素E-test strip與口腔病源菌於厭氧培養皿與厭氧環境下培養5天，最後判讀其最低抑菌濃度來決定口腔病源菌對何種有抗生素抗藥性，然後選擇最佳抗生素對病患投藥。